La chiesa di San Giovanni degli Eremiti sorge appena sotto le mura del Palazzo Reale, possiede una pianta a croce "commissa" e una volumetria compatta e regolare, cui fanno da contrappunto, a diverse altezze, le cinque caratteristiche cupole rosse, che creano un articolato gioco di volumi d’impronta decisamente islamica. All’esterno l’edificio si presenta una regolare stereometria dell’apparato murario, formato da conci squadrati di calcare che contrastano con la vivace coloritura delle cupole, innalzate su tamburi cilindrici con trombe angolari e ghiere archiacute a triplice rincasso. All’interno la navata si compone da due ampie campate quadrate, separate da un possente arco ogivale; il transetto è triabsidato con abside centrale sporgente all’esterno.
Sul volume dell’abside di sinistra (prothesis) si erge una torre campanaria quadrangolare con cupola. Dall’interno della chiesa, attraverso un piccolo vano ricavato nel muro del diaconicon, si accede alla “sala araba”, che alcuni studiosi fanno risalire a una preesistente moschea islamica.
In questo ambiente, oggi coperto da tre grandi volte a crociera cinquecentesche, è visibile un interessante affresco di fattura bizantina (seconda metà del XII sec.), raccolto in una nicchia archiacuta al centro della parete occidentale: una delicata Madonna in trono col bambino (purtroppo molto lacunosa) affiancata da due santi, forse San Giovanni e Sant’Ermete.
Da non dimenticare la visita al chiostro a pianta quadrata, composto da una sequenza continua di arcate ogivali a doppia ghiera su colonnine binate, addossato a un tratto delle mura di Palermo normanna.